京东物流始终将安全作为核心工作，建立数据安全委员会并下设信息保护专职部门、数据安全应急响应组织，以最高级别的标准，严格保护商业合作伙伴信息及用户个人隐私信息，并在物流软件研发、数据保护和日常运营的安全制度各方面，保证商家及用户数据信息安全。在信息系统研发之中，京东物流建立了单点登录、多因素认证、密钥管理系统等安全基础设施，在网络防护方面，京东物流建立了入侵感知系统、网络防火墙等安全设施。同时，京东物流通过建立数据分类分级制度、数据安全管理规范、数据安全开发规范来进行信息存储和使用，实现了商家和用户数据的安全保证。

京东物流存储个人数据的底层云技术取得了数据中心联盟颁发的“可信云”认证三级认证，并于2017年通过了公安部安全等级保护三级认证。2019年1月，京东物流获得信息安全管理体系标准ISO27001认证，作为世界上应用最广泛、最权威的信息安全管理标准，京东物流等获得了UKAS（英国皇家认可委员会）和CNAS（中国合格评定国家认可委员会）双认可证书，实现了信息安全管理与国际主流标准接轨。

此外，为保证用户个人隐私和信息安全，早在2016年6月京东物流就开始使用微笑面单，利用技术手段从包裹生成时即部分隐藏用户的姓名和手机号信息，以笑脸（^_^）代替。2017年，京东物流在全国推行“微笑面单”，全面保护用户隐私。